Umire na glasu svetosti 10. svibnja 1928. u 32. godini života. U ladici Ivanovog radnog stola pronađena je njegova oporuka koja je kasnije uklesana u mramornu ploču .

Pogreb Ivana Merza vodio je zagrebački pomoćni biskup Premuš, a oko pet tisuća osoba došlo je ispratiti Ivana Merza na vječni počinak. 16. prosinca 1977. god. posmrtni ostaci Ivana Merza preneseni su u Baziliku Srca Isusova.

Postupak za njegovo proglašenje blaženim pokrenuo je 1958. god. nadbiskup Šeper. Blaženim ga je proglasio sv. otac Ivan Pavao II. u Banjoj Luci, 22. lipnja 2003.

23. lipnja 2003. u 20 sati u Bazilici Srca Isusova, nakon odslužene sv. Mise zahvale Bogu za dar Ivana Merza i zahvale Papi Ivanu Pavlu II. na posjetu i beatifikaciju dr. Ivana Merza, zagrebački nadbiskup Josip Bozanić, pomoćni biskupi Josip Mrzljak i Vlado Koršić, biskup Franjo Komarica i župnik Ivan Korade kleče u zajedničkoj molitvi na grobu Blaženog Ivana Merza. Iza njih stoje i mole ostali svećenici koji su sudjelovali u sv. Misi.